La prima puntata de “Il Sistema” inizia con una esercitazione del gruppo della Guardia di Finanza, di cui Alessandro Luce (qui interpretato da Claudio Gioè) è il maggiore. Nel frattempo il fratello Raul, imprenditore romano taglieggiato dalla criminalità romana, si suicida. Alessandro è distrutto come Angela la moglie di Raul, ormai rimasta vedova. “Raoul era pieno di debiti – racconta Angela ad Alessandro, che chiede le motivazioni del gesto – I creditori chiamavano ogni giorno, ma all’improvviso hanno smesso”.
Ma chi sono i componenti del clan che ha ucciso Raul? C’è l’avvocato Alcamo, il capo della banda, Daria Fabbri, la bella contabile, e Rocco, alias Romolo Fabrizi, braccio destra dell’avvocato ed ex terrorista.
Alessandro, desideroso di conoscere ogni aspetto riguardante la morte del fratello Raul, contatta una sua ex fidanzata, Floriana, elemento di spicco del Gico, che decide di aiutarlo per trovare la verità. Alessandro crede che il fratello sia finito in un giro di strozzini e Floriana lo inserisce come “osservatore” all’interno del suo gruppo di lavoro.
Floriana però non ha smesso di amare Alessandro e si è pentita per avergli dato il suo aiuto: la troppa vicinanza tra i due finirà per ferirla? Alessandro chiede al gruppo Gico (Gruppo di Investigazione Criminalizzata della Guardia di Finanza) di potersi infiltrare nel gruppo criminale, per poter arrivare a colui che ha voluto la morte del fratello.
Nel frattempo Daria scopre che il papà è malato e la sua malattia è degenerativa. La donna, a causa della sua occupazione, non è soddisfatta e vorrebbe condurre una vita più lineare, senza estorcere denaro ai clienti della banda. Che segreto nasconde Daria? E Alessandro entrerà in contatto con lei?
Alessandro va a casa di Oreste, capo dell’azienda Ponteflore, coinvolta nel traffico illecito di denaro della banda. Oreste gli confida di essere stato minacciato dal clan e gli dimostra di essere addolorato per la morte del fratello. Alessandro vorrebbe infiltrarsi nel clan fingendo di essere un imprenditore che si vuole sporcare le mani per Oreste e lo confida a Floriana, che non è assolutamente d’accordo con lui.
Il Gico, per poter attuare il piano, dà una nuova identità di Alessandro: l’uomo avrà una nuova casa e un nuovo passaporto e sarà costretto a salutare il figlio che verrà preso momentaneamente in affidamento da Angela. Nel frattempo gli uffici di Oreste vengono preparati accuratamente e vengono installate delle camere per l’inizio dell’operazione.
Alessandro inizia la sua avventura: Oreste gli presenta il Rosso, che inizialmente non sembra fidarsi del nuovo arrivato. Alessandro tenta di convincerlo dicendo di sapere cosa è successo a Raul e confidandogli di essere socio di Oreste. Da ora in poi chi vorrà fare affari con l’azienda di Oreste dovrà farli con Alessandro. Il Rosso, non fidandosi, porta via Alessandro e controlla i suoi documenti.
Angela dà ad Alessandro un paio di chiavi trovate nelle tasche dei pantaloni di Raul: l’uomo, grazie a Quaranta, scopre che il fratello aveva un’appartamento del quale la moglie non era al corrente, dove portava l’amante. Il Rosso chiede ad Alessandro di incontrare una persona ed è così che il maggiore della Finanza conosce Daria, l’amante del fratello nonché contabile della banda.
