Il 23 ottobre del 1996 Papa Wojtyla riabilitò la teoria evolutiva di Charles Darwin esposta nel volume “L’origine della specie”. Una revisione storica accompagnata da una riflessione sulla creazione, simile a quella del caso Galileo. In particolare il Papa ritenne possibile conciliare la tesi sull’origine del corpo dell’ uomo con la dottrina della Chiesa. Il pronunciamento si oppose di fatto alla condanna alla dottrina evoluzionista di Pio XII nel 1950, con l’enciclica “Humani generis”: “Le false affermazioni di siffatto evoluzionismo, per cui viene ripudiato quanto vi è di assoluto, fermo ed immutabile, hanno preparato la strada alle aberrazioni di una nuova filosofia che, facendo concorrenza all’idealismo, all’immanentismo e al pragmatismo, ha preso il nome di “esistenzialismo” perché, ripudiate le essenze immutabili delle cose, si preoccupa solo della “esistenza” dei singoli individui”.
Pio XII condannando così l‘evoluzionismo, autorizzò i fedeli a partecipare alla discussione sull’ipotesi evoluzionistica a condizione che la teoria evolutiva fosse presentata come ipotesi alla stessa stregua di quella opposta. La differenza sostanziale con Pio XII risiedeva nella frase pronunciata da Giovanni Paolo II: “Oggi, dopo quasi mezzo secolo, le nuove conoscenze conducono a riconoscere nella teoria dell’ evoluzione più che un’ipotesi”. Inoltre Papa Wojtyla sostenne anche che la teoria evolutiva si era “progressivamente imposta” agli scienziati “a seguito di una serie di scoperte”.
La riconciliazione tra Chiesa e la dottrina dell’evoluzione suscitò commenti positivi nel mondo scientifico, perfino da parte dell’astrofisica Margherita Hack: “Fa piacere – disse – vedere che la Chiesa ora accetta senza riserve i risultati della Scienza”.